Tiền Heian

Thế kỷ 6, một số loại rau củ mới như củ cải trắng, cà rốt du nhập từ Trung Quốc và bán đảo Triều Tiên vào Nhật Bản. Sau khi Phật giáo du nhập vào Nhật Bản thì việc ăn thịt đã bị hạn chế và bị cấm vào thế kỷ thứ 8. Cũng trong giai đoạn này người Nhật học được cách làm đậu hũ, nước tương và nghệ thuật rán bằng dầu của người Trung Quốc (loại nước tương ngọt của Nhật ngày nay ra đời vào thế kỷ 15).

Trung thế

Thời kỳ Heian (794-1185) là thời kỳ khởi đầu cho một nền ẩm thực Nhật Bản mang bản sắc riêng. Sự phát triển của tầng lớp thượng lưu Kyoto trở thành tiền đề quan trọng cho sự phát triển của nghệ thuật ẩm thực. Mọi người ăn 2 bữa một ngày cũng với nhiều bữa ăn nhẹ khác trong ngày. Đến thế kỷ 10, các loại nguyên liệu đã trở nên phong phú hơn, người ta đưa vào món ăn nhiều loại rau củ như củ cải tròn, lá mù tạt, dưa chuột và cà tím.

Từ năm 1185 khi Mạc Phủ được thiết lập ở Kamakura, tầng lớp võ sĩ đạo và thiền sư dần có vị thế hơn trước, do đó các món chay (shojin ryori) được hình thành, dẫn đến sự ra đời của các món khai vị trước buổi trà đạo (cha kaiseki) vào thế kỷ 16. Món ăn chay Nhật Bản chú trọng vào 5 màu sắc cơ bản: xanh, đỏ, vàng, trắng và đen tím, và 6 vị: đắng, chua, ngọt, nóng, cay và vị thơm ngon. Dưới ảnh hưởng của cách nấu này, tính đơn giản trong các món ăn Nhật cũng hình thành. Thế kỷ thứ 9, trà được vào Nhật nhưng dần bị lu mờ cho đến khi hưng thịnh trở lại vào thế kỷ 12 cùng với sự phát triển của Thiền tông.

Cận đại

Mặc dù đóng cửa với bên ngoài, nhưng suốt thời kỳ Edo (1603-1857), ẩm thực Nhật vẫn phát triển đa dạng. Cơm nắm nigiri-zushi đã ra đời vào thời gian này. Thời kỳ Meiji (Minh Trị, 1868-1912) đánh dấu thời kỳ mở cửa trở lại với thế giới bên ngoài. Sự giao thương của Nhật Bản với phương Tây trong thời Minh Trị đã ảnh hưởng quan trọng đến nền ẩm thực Nhật Bản.

Người Bồ Đào Nha đã mang đến Nhật các nguyên liệu từ Tân Thế giới: ngô, khoai tây, khoai lang... hay từ các nước châu Á khác: bí đao (kabocha). Một số tên món ăn Nhật Bản ngày nay có nguồn gốc từ tiếng Bồ Đào Nha như từ "pan" nghĩa là "bánh mì" xuất phát từ tiếng Bồ Đào Nha: "pão", từ "tempura" xuất xứ từ tiếng Bồ Đào Nha: "templo" - đền thờ. Các nguyên liệu nước ngoài được du nhập ồ ạt vào Nhật Bản như bơ, cà ri, cà phê, bắp cải, măng tây...

Hiện đại

Ngành công nghiệp thực phẩm của Nhật Bản có những bước phát triển rực rỡ. Mì ăn liền (ramen) đã được Momofuku Ando (cũng là người sáng lập công ty thực phẩm Nissin) phát minh ra năm 1958. Tiến sĩ Kikunae Ikeda đã phát hiện ra vị cơ bản thứ năm umami (ngoài bốn vị: ngọt chua, mặn, đắng) sau khi phân tích thành phần của tảo biển khô năm 1908, từ đó sáng lập nên công ty bột ngọt Ajinomoto. Kỹ thuật nướng thức ăn teppanyaki cũng mới được phát triển; đây là cách nướng trên một chiếc bàn đúc bằng gang thép hình chữ nhật dày 6–8 cm đã được làm nóng đến trên 100 độ; thức ăn được làm nóng rất lâu trên bếp mà không bị cháy và thành phần nước vẫn còn trong thức ăn khiến cho thức ăn giữ được hương vị tự nhiên.